Database Commons a catalog of biological databases

Database Commons - GEPdb

GEPdb

Citations: 1

z-index 0.25

Short name GEPdb
Full name Genotype-Expression-Phenotype Database
Description GEPdb is an integrated database for interpreting a list of SNPs or Genes in the context of the ternary relations of Genotype-Expression-Phenotype using a comprehensive collection of GWAS (genotype-phenotype) and eQTL (genotype-expression) data. The analytic procedure in GEPdb is bidirectional, where SNPs are linked to genes via tissue/study-specific eQTL data or vice versa. The list of SNPs can be expanded by linkage disequilibrium.
URL http://ercsbweb.ewha.ac.kr/GEPdb/main.html
Year founded 2013
Last update & version 2014-09-01    
Availability Free to all users
University/Institution hosted Ewha Womans University
Address Seoul 120-750
City Seoul
Province/State
Country/Region Korea Rep.
Contact name Wankyu Kim
Contact email wkim@ewha.ac.kr
Data type(s)
Major organism(s)
Keyword(s)
  • GWAS
  • SNP
Publication(s)
  • GEPdb: a database for investigating the ternary association of genotype, gene expression and phenotype. [PMID: 24812343]

    Daeun Ryu, SeongBeom Cho, Hun Kim, Sanghyuk Lee, Wankyu Kim
    Bioinformatics (Oxford, England) 2014:30(17)
    1 Citations (Google Scholar as of 2016-05-01)

    Abstract: GEPdb integrates both genome-wide association studies and expression quantitative trait loci information, the two primary sources of genome-wide mapping for genotype-phenotype and genotype-expression associations together with phenotype-associated gene lists. The GEPdb provides simultaneous interpretation of both genetic risks and potential gene regulatory pathways toward phenotypic outcome by establishing the ternary relationship of genotype-expression-phenotype (GEP). The analytic scope is further extended by linkage disequilibrium from five different populations of the international HapMap Project. http://ercsbweb.ewha.ac.kr/gepdb. © The Author 2014. Published by Oxford University Press. All rights reserved. For Permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.

Community reviews

Data
quality & quantity
Content organization & presentation
System accessibility & reliability
Reviewed by

Word cloud (embeddable)

Database Commons - Word Cloud

Accessibility

Rate of accessibility:
HTTP status codeDate requested
200 OK2018-11-16
200 OK2018-11-13
200 OK2018-11-09
200 OK2018-11-06
200 OK2018-11-02
200 OK2018-10-30
200 OK2018-10-26
200 OK2018-10-23
200 OK2018-10-19
200 OK2018-10-16
200 OK2018-10-12
200 OK2018-10-09
200 OK2018-10-05
200 OK2018-10-02
200 OK2018-09-28
200 OK2018-09-25
200 OK2018-09-21
200 OK2018-09-18
200 OK2018-09-14
200 OK2018-09-11
200 OK2018-09-07
200 OK2018-09-04
200 OK2018-08-31
200 OK2018-08-28
200 OK2018-08-24
200 OK2018-08-21
200 OK2018-08-17
200 OK2018-08-14
200 OK2018-08-10
404 Failed2018-08-07
404 Failed2018-08-03
404 Failed2018-07-31
200 OK2018-07-27
200 OK2018-07-24
200 OK2018-07-20
200 OK2018-07-17
200 OK2018-07-13
200 OK2018-07-10
200 OK2018-07-06
200 OK2018-07-03
200 OK2018-06-29
200 OK2018-06-26
200 OK2018-06-22
200 OK2018-06-19
200 OK2018-06-15
200 OK2018-06-12
200 OK2018-06-08
200 OK2018-06-05
200 OK2018-06-01
200 OK2018-05-29
200 OK2018-05-25
200 OK2018-05-22
200 OK2018-05-18
200 OK2018-05-15
200 OK2018-05-11
200 OK2018-05-08
200 OK2018-05-04
200 OK2018-05-01
200 OK2018-04-27
200 OK2018-04-24
200 OK2018-04-20
200 OK2018-04-17
200 OK2018-04-13
200 OK2018-04-10
200 OK2018-04-06
200 OK2018-04-03
200 OK2018-02-27
200 OK2018-02-23
200 OK2018-02-20
200 OK2018-02-16
200 OK2018-02-13
200 OK2018-02-09
200 OK2018-02-06
200 OK2018-02-02
200 OK2018-01-30
200 OK2018-01-26
200 OK2018-01-23
200 OK2018-01-19
200 OK2018-01-16
200 OK2018-01-12
200 OK2018-01-09
200 OK2018-01-05
200 OK2018-01-02
200 OK2017-12-29
200 OK2017-12-26
200 OK2017-12-22
200 OK2017-12-19
200 OK2017-12-15
200 OK2017-12-12
200 OK2017-12-08
200 OK2017-12-05
200 OK2017-12-01
200 OK2017-11-28
200 OK2017-11-24
200 OK2017-11-21
200 OK2017-11-17
200 OK2017-11-14
200 OK2017-11-10
200 OK2017-11-07
200 OK2017-11-03
200 OK2017-10-31
200 OK2017-10-27
200 OK2017-10-24
200 OK2017-10-20
200 OK2017-10-17
200 OK2017-10-13
200 OK2017-10-10
200 OK2017-10-06
200 OK2017-10-03
200 OK2017-09-29
200 OK2017-09-26
200 OK2017-09-22
200 OK2017-09-19
200 OK2017-09-15
200 OK2017-09-12
200 OK2017-09-08
200 OK2017-09-05
200 OK2017-09-01
200 OK2017-08-29
200 OK2017-08-25
200 OK2017-08-22
200 OK2017-08-18
200 OK2017-08-15
200 OK2017-08-11
200 OK2017-08-08
200 OK2017-08-04
200 OK2017-08-01
200 OK2017-07-28
200 OK2017-07-25
200 OK2017-07-21
200 OK2017-07-18
200 OK2017-07-14
200 OK2017-07-04
200 OK2017-06-30
200 OK2017-06-27
200 OK2017-06-23
200 OK2017-06-20
200 OK2017-06-16
200 OK2017-06-13
200 OK2017-06-09
200 OK2017-06-06
200 OK2017-06-02
200 OK2017-05-30
200 OK2017-05-26
200 OK2017-05-23
200 OK2017-05-19
200 OK2017-05-16
200 OK2017-05-12
200 OK2017-05-09
200 OK2017-05-05
200 OK2017-05-02
200 OK2017-04-28
200 OK2017-04-25
200 OK2017-04-21
200 OK2017-04-18
200 OK2017-04-14
200 OK2017-04-11
200 OK2017-04-07
200 OK2017-04-04
200 OK2017-03-31
200 OK2017-03-28
200 OK2017-03-24
200 OK2017-03-21
200 OK2017-03-17
200 OK2017-03-14
200 OK2017-03-10
200 OK2017-03-07
200 OK2017-03-03
200 OK2017-02-28
200 OK2017-02-24
200 OK2017-02-21
200 OK2017-02-17
200 OK2017-02-14
200 OK2017-02-10
200 OK2017-02-07
200 OK2017-02-03
200 OK2017-01-31
200 OK2017-01-27
200 OK2017-01-24
200 OK2017-01-20
200 OK2017-01-17
200 OK2017-01-13
200 OK2017-01-10
200 OK2017-01-06
200 OK2017-01-03
200 OK2016-12-30
200 OK2016-12-27
200 OK2016-12-23
200 OK2016-12-20
200 OK2016-12-16
200 OK2016-12-13
200 OK2016-12-09
200 OK2016-12-06
200 OK2016-12-02
200 OK2016-11-29
200 OK2016-11-25
200 OK2016-11-22
200 OK2016-11-18
200 OK2016-11-15
200 OK2016-11-11
200 OK2016-11-08
200 OK2016-11-04
200 OK2016-11-01
200 OK2016-10-28
200 OK2016-10-25
200 OK2016-10-21
200 OK2016-10-18
200 OK2016-10-14
200 OK2016-10-11
200 OK2016-10-07
200 OK2016-10-04
200 OK2016-09-30
200 OK2016-09-27
200 OK2016-09-23
200 OK2016-09-20
200 OK2016-09-16
200 OK2016-09-13
200 OK2016-09-09
200 OK2016-09-06
200 OK2016-09-02
200 OK2016-08-30
200 OK2016-08-26
200 OK2016-08-23
200 OK2016-08-19
200 OK2016-08-16
200 OK2016-08-12
200 OK2016-08-09
200 OK2016-08-05
200 OK2016-08-02
200 OK2016-07-29
200 OK2016-07-26
200 OK2016-07-22
200 OK2016-07-19
200 OK2016-07-15
200 OK2016-07-12
200 OK2016-07-08
200 OK2016-07-05
200 OK2016-07-01
200 OK2016-06-28
200 OK2016-06-24
200 OK2016-06-21
200 OK2016-06-17
200 OK2016-06-14
200 OK2016-06-10
200 OK2016-06-07
200 OK2016-06-03
200 OK2016-05-31
200 OK2016-05-27
200 OK2016-05-24
200 OK2016-05-20
200 OK2016-05-17
200 OK2016-05-13
200 OK2016-05-10
200 OK2016-05-06
200 OK2016-05-03
200 OK2016-04-29
200 OK2016-04-26
200 OK2016-04-22
200 OK2016-04-19
200 OK2016-04-15
200 OK2016-04-12
200 OK2016-04-08
200 OK2016-04-05
200 OK2016-04-01
200 OK2016-03-29
200 OK2016-03-28
200 OK2016-03-25
200 OK2016-03-23
200 OK2016-03-21
200 OK2016-03-18
200 OK2016-03-16
200 OK2016-03-14
200 OK2016-03-11
200 OK2016-03-09
200 OK2016-03-07
200 OK2016-03-04
200 OK2016-03-02
200 OK2016-02-29
200 OK2016-02-26
200 OK2016-02-24
200 OK2016-02-22
200 OK2016-02-19
200 OK2016-02-17
200 OK2016-02-15
200 OK2016-02-14
200 OK2016-02-12
200 OK2016-02-10
200 OK2016-02-08
200 OK2016-02-07
200 OK2016-02-05
200 OK2016-02-03
200 OK2016-02-01
200 OK2016-01-31
200 OK2016-01-29
200 OK2016-01-27
200 OK2016-01-25
200 OK2016-01-24
200 OK2016-01-22
200 OK2016-01-20
200 OK2016-01-18
200 OK2016-01-17
200 OK2016-01-15
200 OK2016-01-13
200 OK2016-01-11
200 OK2016-01-10
200 OK2016-01-08
200 OK2016-01-06
200 OK2016-01-04

Tags

DNA Phenotype
Homo sapiens
GWAS SNP

Record metadata

  • Created on: 2015-06-30
  • Curated by:
    • Lin Liu [2016-03-29]
    • Lin Liu [2016-03-26]
    • Jian Sang [2015-12-05]
Stats